رضا شاه گفتمان ملی گرائی سکولار را -که گاهی نشات گرفته از خود حکومت و گاهی ایجاد شده توسط نخبگان تجدد طلب بود- ترویج میکرد. این گفتمان در نشریات عمومی قابل چاپ بود. در نتیجه این کار، از اسلام کمتر در نشریات یاد میشد و در نشانهای ملی و جشنها کمتر اثری از آن به چشم میخورد. بسیاری از ایرانیان ملی گرا در این زمان، اسلام را از هویت ایرانی تفکیک میکردند و تاریخ ایران را از نو مینگاشتند تا میراث پیش از اسلام را به جای میراث اسلامی پر رنگ کنند. این روشنفکران، اغلب به طور صریح مذهب را رّد نمیکردند بلکه آنچه که آنها نمونه هایی از "عقب ماندگی" و "بربریت" مینامیدند مورد انتقاد قرار میدادند. برخی دانشوران همچون عبدالحسین زرینکوب که یک تاریخ نگار ملی گرای اثر گذار و یک ایدئولوگ بود، پا را فراتر گذاشت و ادعا نمود اسلام و شیعه به طور مشخص غیر ایرانی هستند. کتاب دو قرن سکوت او نماینده این تصویر ملی گرای سکولار از تاریخ ایران است. روایت زرین کوب از تاریخ ایران، باز سازی باستان گرایانهای از ایران به عنوان ملتی ناب است که در آن شهروندی بر پایه نژاد، زبان مشترک، تاریخ مشترک یا عضویت در فرهنگ و تمدنی متحدالشکل میباشد. این تعریف زرین کوب از هویت ملی، ایران را به صورت کشوری همچون کشورهای اروپایی نشان میداد و در عین حال ایرانیان وطن پرست را از ملل اسلامی و از رهبران مذهبی دور میکرد. کتاب زرین کوب با حمله اعراب به ایران در قرن هفتم میلادی شروع میشود که او آن را به صورت یک تراژدی برای ملت ایران معرفی میکند. او دو قرن اول تاریخ ایران پس از حمله اعراب را دورهای از تاریکی همراه با کشمکش بین دو ملت (اعراب و ایرانیان) مینمایاند. در این کتاب فاتحان عرب مسلمان به صورت بربر هایی خشن و نژادپرست تصویر شده اند که در پایمال کردن روحیهٔ ملی ایرانی به وسیله تخریب هر چه ایرانی است مصمم هستند. با این حال او ادعا میکند که ایرانیان بزودی برتری خود را در مسائل مملکتی، کشاورزی، جنگ آوری و دانش ثابت کردند و در نهایت به مراکز قدرت دست یافتند. زرین کوب این بحث را پیش میکشد که ایرانیان در این دو قرن تنها کاری که میتوانستند بکنند این بود که در شورشهای منتهی به شکست شرکت کنند و آنچه میتوانستند از فرهنگ ایران حفظ کنند تا پس از پایان دو قرن حکومت زورگویانه عربی/اسلامی، ضمیر ایرانی دوباره پیروز میدان ظاهر شود.
نوشته عبدالحسین زرینکوب دو قرن سکوت کتابی درباره سرگذشت ایران در دو سدهٔ نخست پس از سلطهٔ اعراب است. نام کتاب به خفقان و سکوت حاکم بر ایران در آن دو قرن اشاره دارد.«دو قرن سکوت»، تاریخ حوادث سیاسی و اجتماعی ایران است در دو قرن آغازین اسلام. آنچه در آن دو قرنی که از سقوط دولت ساسانی تا روی کار آمدن دودمان طاهریان (نخستین دودمان ایرانی پس از اسلام) بر ایران گذشت. تاریخ این دو قرن ایران را، پیش از این نویسندگان و تاریخنویسان به اجمال و اختصار بیان کردند و فقط به ذکر این مطلب اکتفا کردند که در تمام مدت این دو قرن، ایران در زیر سلطه تازیان بود و چنان تحت استیلای اعراب قرار داشت که مردم ایران حتی خط و زبان خود را فراموش کردند. در صورتیکه که این دو قرن روزگار انقلابها و کشمکشهای مهم بودهاست. قیامهای بزرگ در طی آن پدید آمدهاست و حوادث مهم و شگرف بینظیری مانند جریانات ابومسلم و مقنع و بابک و مازیار و افشین در این روزگار به صحنه حوادث تاریخ ایران پای نهادهاست. عقاید و افکار تازه مانند آیین شیعه و زیدیه و نهضتهای مهم مانند نهضت شعوبیه و سیاه جامگان و سپید جامگان و سرخ جامگان در این روزگاران روی نمودهاست.